ต้นไม้ประจำโรงเรียนกำเนิดวิทย์คือ ต้นพะยูง อันเป็นต้นไม้ที่สูงค่าและมีนามอันเป็นมงคลด้วยความประสงค์ของผู้บริหารโรงเรียนประสงค์ให้โรงเรียนกำเนิดวิทย์เป็นโรงเรียนที่ร่มรื่นท่ามกลางธรรมชาติที่อุดมสมบูรณ์ โรงเรียนจึงจัดใหมีกิจกรรมปลูกต้นพะยูงไว้ริมถนนทางเข้าโรงเรียน ในวันเปิดภาคเรียน โดยนักเรียนรุ่นที่หนึ่งได้ปลูกต้นพะยูงประจำตัวคนละหนึ่งต้น ร่วมกับผู้บริหาร ผู้ทรงคุณวุฒิ คณาจารย์ และบุคคลากร และในอนาคตข้างหน้าอีกสิบปี ยี่สิบ สามสิบปี เมื่อนักเรียนรุ่นที่หนึ่งกลับมาเขาจะได้เห็นว่าต้นไม้ที่เขาปลูกไว้นั้นได้เติบใหญ่ให้ร่มเงาแก่รุ่นน้อง และชนรุ่นหลังในโรงเรียนกำเนิดวิทย์สืบไป
