หลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐานได้กำหนดเกณฑ์การจบการศึกษาระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายไว้ดังนี้
1. ผู้เรียนเรียนรายวิชาพื้นฐานและรายวิชาเพิ่มเติมจำนวนไม่น้อยกว่า 87.0 หน่วยกิต โดยเป็นรายวิชาพื้นฐานจำนวน 41.0 หน่วยกิต และรายวิชาเพิ่มเติมจำนวนไม่น้อยกว่า 46.0 หน่วยกิต
2. ผู้เรียนต้องได้หน่วยกิตตลอดหลักสูตร ไม่น้อยกว่า 77.0 หน่วยกิต เป็นรายวิชาพื้นฐาน 41.0 หน่วยกิต และรายวิชาเพิ่มเติมไม่น้อยกว่า 36.0 หน่วยกิต
3. ผู้เรียนต้องมีผลการประเมินการอ่าน คิดวิเคราะห์ และเขียน ระดับ “ผ่าน” ขึ้นไป
4. ผู้เรียนต้องมีผลการประเมินคุณลักษณะอันพึงประสงค์ ระดับ “ผ่าน” ขึ้นไป
5. ผู้เรียนต้องเข้าร่วมกิจกรรมพัฒนาผู้เรียนและได้รับการตัดสินผลการเรียน “ผ่าน” ทุกกิจกรรม
โรงเรียนกำเนิดวิทย์จัดตั้งขึ้นโดยมีวัตถุประสงค์พิเศษเพื่อสรรหาและจัดการศึกษาให้แก่นักเรียนผู้มีความสามารถพิเศษด้านคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์ระดับมัธยมศึกษาตอนปลายในลักษณะโรงเรียนประจำใช้ภาษาอังกฤษเป็นหลักในการจัดการเรียนการสอนมีอุดมการณ์และเป้าหมายเฉพาะในการพัฒนานักเรียนโรงเรียนจึงได้กำหนดเกณฑ์การจบการศึกษาเพิ่มเติมดังนี้
- มีผลการเรียนทุกรายวิชาตั้งแต่ 2.00 ขึ้นไป
- เสนอผลการทำงานวิจัย (โครงงาน) เป็นภาษาอังกฤษ ทั้งในภาคโปสเตอร์และภาคบรรยาย ในงานประชุมวิชาการที่โรงเรียนจัดขึ้น หรืองานประชุมวิชาการอื่นๆตามที่โรงเรียนเห็นชอบและเผยแพร่ผลงานเป็นภาษาอังกฤษในวารสารวิชาการของโรงเรียน หรือวารสารวิชาการอื่นๆ ที่โรงเรียนเห็นชอบ
- มีผลการสอบภาษาอังกฤษผ่านเกณฑ์ขั้นต่ำตามที่โรงเรียนกำหนดกรณีสอบไม่ผ่านเกณฑ์ขั้นต่ำ นักเรียนต้องเข้าร่วมกิจกรรมพัฒนาทักษะภาษาอังกฤษเพิ่มเติมที่โรงเรียนจัดให้เป็นเวลาไม่ต่ำกว่า 45 ชั่วโมงและผ่านเกณฑ์ตามที่โรงเรียนกำหนด
กิจกรรมพัฒนาผู้เรียน
กิจกรรมแนะแนวที่นักเรียนต้องผ่านภายในสามปี
กิจกรรมพัฒนาคุณลักษณะของผู้เรียนที่นักเรียนต้องปฏิบัติภายในสามปี
กิจกรรมเพื่อสังคมและสาธารณประโยชน์ที่นักเรียนต้องปฏิบัติภายในสามปี